Le milieu méditerranéen: un écosystème fonctionnel

- La biocénose a été définie par Möbius en 1887 comme un <<groupement d'êtres vivants correspondant par sa composition, par le nombre des espèces et des individus à certaines conditions moyennes du milieu; groupements d'êtres qui sont liés par une dépendance réciproque et se maintiennent en se reproduisant dans un certain espace de façon permanente>>.

Pour Lemée 1967 <<de même qu'un organisme n'est pas une simple juxtaposition de tissus et d'organes, mais une entité pourvue de propriétés que ne possèdent pas ses constituants séparés, une communauté d'organismes est une entité nouvelle qui n'est pas la simple rencontre fortuite d'individus mais possède une structure, un fonctionnement et une évolution propres>>.

- Le biotope étant l'espace occupé par une biocénose ou, selon Pérès <<l'aire géographique soumise à des conditions dont les dominantes sont homogènes>>. L'homme a été conduit à étudier <<les conditions d'existence des êtres vivants et les interactions de toutes natures qui existent entre ces êtres vivants et le milieu>> ;c'est là, la définition de l'écologie selon Dajoz.
 
- L'environnement étant considéré comme l'ensemble des facteurs écologiques:
facteurs physico-chimiques et biotiques (ensemble des interactions c'est à dire des actions bénéfiques ou néfastes s'exerçant entre les êtres vivants).
°Le milieu marin peut être considéré comme un ensemble d'écosystèmes fonctionnels ou alors comme un écosystème unique.

- L'écosystème est << un système écologique, localisé géographiquement qui fonctionne et au sein duquel il y a de constantes relations entre les constituants des biocénoses et le biotope>>. La source de l'énergie nécessaire au fonctionnement de l'écosystème (biocénoses+biotopes) est le soleil. L'Homme a compris progressivement que les modifications des conditions climatiques, les variations brutales de certains facteurs physiques, chimiques ou biotiques consécutifs à des aménagements abusifs, à des activités polluantes, sont préjudiciables au bon fonctionnement de l'écosystème marin.

- Les producteurs
Le moteur de l'écosystème c'est l'énergie solaire; en effet seuls les végétaux porteurs de pigments chlorophylliens sont capables de capter l'énergie lumineuse et de la transformer, sous forme d'énergie chimique potentielle, pour fabriquer, à partir de matières minérales (eau, dioxyde de carbone, sels minéraux) prélevées dans le milieu, des molécules de substances carbonées. Cette synthèse de matières organiques, appelée photosynthèse, est donc le fait des organismes autonomes ou autotrophes, c'est à dire capables d'assurer, par eux même, leur nutrition; ils sont qualifiés de PRODUCTEURS. 
Dans le milieu marin ce sont:
-des Algues microscopiques qui flottent au gré des courants et qui constituent le phytoplancton,
-des Algues macroscopiques pluricellulaires poussant sur les fonds et formant le phytobenthos.
-et des plantes à fleurs ou Phanérogames comme les Cymodocées, les Zostères ou les Posidonies en Méditerranée.

-Les consommateurs
Ce sont des organismes qui utilisent l'énergie chimique potentielle contenue dans la matière organique fabriquée par les producteurs. On distingue des consommateurs de 1^er ordre ou phytophages qui se nourrissent directement des producteurs; on les qualifie aussi de producteurs secondaires car ils produisent de la matière organique à partir des producteurs et non pas de l'énergie solaire comme les producteurs primaires.
consommateurs de 2^ème ordre ou zoophages qui se nourrissent de consommateurs de 1^er ordre, et des consommateurs de 3^ème ordre ou d'ordres supérieurs.

- Les décomposeurs
Ils sont des constituants essentiels de l'écosystème qui assurent la reminéralisation de la matière organique, c'est à dire la transformation de cette matière (déjections, cadavres, d'organismes animaux ou végétaux), en sels minéraux. Ce sont des bactéries ou de petits Invertébrés.
Cette décomposition permet la libération dans le milieu des éléments minéraux, y compris le dioxyde de carbone, qui seront repris par les producteurs.

- Chaînes et réseaux alimentaires
Ainsi les organismes sont liés entre eux, dépendent les uns des autres pour leur nourriture; ils constituent des chaînes alimentaires ou trophiques souvent très ramifiées formant de véritables réseaux.
Ainsi la destruction partielle ou totale, consécutive à la pollution, d'un maillon de ces ensembles entraîne-t-elle des perturbations de l'écosystème.

- Transferts de matières et d'énergie
Il existe un flux d'éléments chimiques et d'énergie qu'on peut essayer de représenter schématiquement en essayant de rendre compte des relations entre êtres vivants-substrat-environnement. L'écosystème est un système thermodynamique ouvert, puisqu'en effet il y a des fuites de matière donc d'énergie, suite à la sédimentation et au recyclage biogéologique de la matière, mais aussi suite à des prélèvements humains (pêche et aquaculture).
Les polluants chimiques traversent l'écosystème et sont transférés d'un niveau trophique au niveau suivant et font peser une menace sur l'écosystème et à terme sur l'Homme.

- Fonctionnement de l'écosystème marin